Le laboratoire national de référence pour la virologie de la Direction générale de la santé publique, au ministère turc de la Santé, a franchi une étape décisive la semaine dernière en déposant la cent millième séquence génomique complète du SARS-CoV-2 sur la plateforme de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) [Initiative mondiale pour la diffusion de toutes les informations relatives à la grippe]. GISAID est la plus grande base de données sur les séquences de SARS-CoV-2.
Tout au long de la pandémie de COVID-19, la surveillance génomique a été et est un élément clé de l’action de santé publique. Le projet de renforcement des capacités nationales contre la COVID-19, une collaboration entre le ministère de la Santé du pays et le bureau de pays de l’OMS en Türkiye, vise à développer et à renforcer les capacités nationales pour le séquençage génomique. Financé par l’Union européenne, ce projet a permis d’équiper le laboratoire national de référence pour la virologie, en Türkiye, d’un instrument de séquençage supplémentaire, de nouvelle génération, pour détecter le SARS-CoV-2 et repérer les variants pendant la pandémie de COVID-19.
En tant que membre du réseau du Système mondial de surveillance de la grippe et de riposte (GISRS), le laboratoire national de référence pour la virologie en Türkiye envoie des données sur le séquençage génomique au système mondial de la GISAID. La GISAID facilite un partage rapide de l’information et propose aux utilisateurs une base de données accessible au public, contenant des informations au sujet du séquençage génomique du SARS-CoV-2. Ces données sont représentatives sur le plan géographique et démographique. Si l’on considère l’intervalle moyen entre le moment de la collecte d’échantillons et le dépôt de la séquence auprès de la GISAID, la Türkiye se classe 6e à l’échelle mondiale, ce qui montre le rythme rapide auquel le pays communique ses données.
« La Türkiye est une importante plaque tournante reliant différentes régions du monde et une destination touristique prisée. Il est donc très important que nous assurions une surveillance génomique et que nous partagions nos données de séquençage avec la communauté sanitaire mondiale sur des plateformes telles que GISAID, afin d’influencer les mesures de santé publique dans le monde entier », explique le docteur Batyr Berdyklychev, représentant de l’OMS en Türkiye.
L’expansion rapide du séquençage génomique et l’intensification de l’échange de données pendant la pandémie a souligné la nécessité d’une stratégie globale pour une plus longue durée, afin de maintenir ces capacités et de renforcer la surveillance génomique. À cet égard, la Türkiye élabore une stratégie nationale de surveillance génomique, laquelle sert de guide pour l’expansion de ces efforts, et aide d’autres pays de la Région européenne de l’OMS à lui emboîter le pas.
« Des collègues de différents pays sont également venus voir et découvrir d’eux-mêmes les travaux du laboratoire », déclare le docteur Gulay Korukluoglu, directrice du laboratoire national de référence pour la virologie de Türkiye. « Grâce aux progrès réalisés dans le cadre de ce projet, nous avons également eu l’occasion de diffuser nos connaissances au niveau international. »
Les pays de la Région européenne de l’OMS peuvent élaborer leurs stratégies nationales de surveillance génomique en s’inspirant de l’expérience de la Türkiye. Ils bénéficient également d’un soutien pour renforcer les effectifs de leurs laboratoires grâce à des formations sur le séquençage de nouvelle génération, la bioinformatique et l’épidémiologie moléculaire », explique le docteur Joanna Zwetyenga, responsable technique de l’unité de gestion des risques infectieux à l’OMS/Europe.
La surveillance génomique reste essentielle pour suivre l’évolution du virus du SARS-CoV-2 et déterminer les variants préoccupants. Grâce à ces efforts et à l’augmentation des capacités de surveillance génomique, les pays peuvent mieux se préparer et réagir aux futures pandémies.