世卫组织合作中心是诸如研究所、大学院系等机构，由总干事指定开展活动支持本组织各规划。目前，在80个会员国有800多所世卫组织合作中心，与世卫组织一同从事护理、职业卫生、传染病、营养、精神卫生、慢性病和卫生技术等领域的工作。

将国家机构用于国际社会的想法可追溯至国联时期，当时国家实验室首次被指定为生物制品标准化的参考中心。世卫组织一创建，就指定了更多的参考中心，最初于1947年指定了伦敦的世界流感中心，在全世界进行流行病学监测。

早在1949年，第二届世界卫生大会就制定了政策（此后一直遵照该政策）：本组织不应当考虑“自己主持建立国际研究机构”，“卫生领域的研究最好通过协助、协调和利用现有研究机构的活动来予以促进”。

所有世卫组织合作中心，不论是否从事研究（其中大多数从事研究），都是依据此政策指定，这毫无疑问增强了国家参与本组织的活动。然而，此政策有一例外，即世卫组织美洲区域有一些“国际卫生中心”，其中有些中心具有区域职能（半球范围），其余一些中心具有次区域职能，这些中心由世卫组织在美洲的区域组织——泛美卫生组织建立、资助并管理。