Le 12 mars 2023, l’OMS a été informée que de nouvelles séquences du SARS-CoV-2 et de nouvelles données métagénomiques concernant des échantillons prélevés sur le marché aux poissons de Huanan, à Wuhan (Chine), à partir de janvier 2020 avaient été mises à disposition sur la plateforme GISAID pendant une courte période. Les données avaient alors été téléchargées par un certain nombre de chercheurs de plusieurs pays. L’accès à ces données a été restreint peu de temps après, apparemment pour permettre au CDC de Chine de les mettre à jour. L’OMS a alors immédiatement contacté le CDC de Chine ainsi que le Président et le Vice-Président du Groupe consultatif scientifique de l’OMS sur les origines des nouveaux agents pathogènes (SAGO). À la suite des discussions entre l’OMS et les collègues du CDC de Chine, il a été expliqué que les données génomiques constituaient la base d’une actualisation attendue de la prépublication de Liu et al. 2022 (1), que le CDC de Chine est en train de soumettre de nouveau à la revue Nature pour publication.
Après discussion avec le Secrétariat de l’OMS ainsi que le Président et le Vice-Président du SAGO, un appel a été organisé le 12 mars avec les scientifiques concernés du CDC de Chine et certains des scientifiques qui avaient eu accès aux données sur la plateforme GISAID pour évaluer l’importance de ces données et de leurs analyses. L’OMS a ensuite organisé une réunion le 14 mars 2023 avec tous les membres du SAGO et invité les chercheurs du CDC de Chine à présenter l’analyse actualisée de leurs données. L’OMS et le SAGO ont également invité les chercheurs ayant informé l’OMS qu’ils avaient eu accès aux données sur la plateforme GISAID à présenter leur analyse des séquences temporairement rendues publiques.
Il est ressorti des exposés du CDC de Chine et des chercheurs internationaux invités qu’il y avait de nouvelles données disponibles provenant du marché aux poissons de Huanan, y compris des données métagénomiques concernant des échantillons environnementaux provenant de différents étals et sites de collecte d’eaux usées recueillis dès janvier 2020. D’après les analyses de ces données, outre des séquences du SARS-CoV-2, certains échantillons contenaient également de l’ADN humain ainsi que de l’ADN mitochondrial de plusieurs espèces animales, dont certaines sont connues pour être sensibles au SARS-CoV-2. Il s’agissait de l’ADN de chiens viverrins sauvages, de porcs-épics de Malaisie et de rats des bambous, entre autres, dans des échantillons environnementaux positifs pour le SARS-CoV-2.
Les résultats donnent à penser que des animaux étaient présents sur le marché peu de temps avant qu’il ne soit fermé le 1er janvier 2020 dans le cadre des mesures de santé publique prises par les autorités chinoises. Ces résultats fournissent des pistes éventuelles pour identifier les hôtes intermédiaires du SARS-CoV-2 et les sources potentielles d’infection humaine sur le marché.
Selon la prépublication des auteurs chinois (Liu et al. 2022), sur un total de 1380 échantillons prélevés dans l’environnement et sur des animaux sur le marché au début de 2020, le test de recherche du SARS-CoV-2 par RT-qPCR s’avère positif pour 73 des 923 échantillons environnementaux, qui proviennent de divers étals et réseaux d’égouts dans et autour du marché, mais aucun virus n’a été détecté dans les 457 échantillons animaux testés. Les échantillons animaux provenaient de cadavres d’animaux, de carcasses d’animaux congelées et de produits d’origine animale, ainsi que d’animaux errants se trouvant à proximité du marché, et couvraient 18 espèces. Selon la prépublication, les chiens viverrins ne figuraient pas parmi les animaux testés. Cependant, les niveaux élevés d’ADN mitochondrial de chien viverrin dans les données métagénomiques provenant d’échantillons environnementaux mis en évidence par la nouvelle analyse semblent indiquer que le chien viverrin et d’autres animaux pourraient avoir été présents avant que le marché ne soit nettoyé dans le cadre de l’intervention de santé publique.
Des preuves photographiques historiques montrant que des chiens viverrins et d’autres animaux étaient vendus auparavant sur les étals en question ont été fournies. Bien que ces éléments n’apportent pas de preuves irréfutables quant à l’hôte intermédiaire ou aux origines du virus, les données fournissent des preuves supplémentaires de la présence sur le marché d’animaux sensibles pouvant avoir été à l’origine d’infections humaines.
Le SAGO continuera d’évaluer toutes les données scientifiques communiquées par les chercheurs chinois et d’autres chercheurs du monde entier. Le SAGO invite à mettre immédiatement à disposition toutes les données liées à l’étude des origines du SARS-CoV-2 pour un examen rigoureux et complet.
Comme il est indiqué dans le rapport provisoire du SAGO (2), celui-ci recommande vivement aux chercheurs chinois d’enquêter sur les sources en amont des animaux et des produits animaux présents sur le marché de Huanan juste avant sa fermeture et le retrait de tous les produits animaux le 1er janvier 2020.
En outre, le SAGO incite à rendre publiques toutes les données de séquençage et données métagénomique disponibles sur la plateforme GISAID ou toute autre base de données de séquences, et à diffuser dès que possible les prépublications en cours de relecture afin que la communauté scientifique ait la possibilité de les analyser plus avant. En outre, le SAGO encourage les chercheurs qui utilisent ces données à collaborer avec les chercheurs chinois. L’OMS et le SAGO sont heureux de faciliter ces collaborations.
(1) Liu et al., 2022. Surveillance of SARS-CoV-2 in the environment and animal samples of the Huanan Seafood Market, disponible à l’adresse : https://www.researchsquare.com/article/rs-1370392/v1
(2) Preliminary Report for the Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens (SAGO) June 2022, disponible à l’adresse : https://www.who.int/publications/m/item/scientific-advisory-group-on-the-origins-of-novel-pathogens-report